O objetivo deste estudo foi avaliar a taxa de detecção, quantidade e atividade metabólica de Propionibacterium acnes, antes e após os procedimentos endodônticos de desinfecção, utilizando métodos moleculares baseados em rRNA e rDNA. Foram selecionados 22 pacientes com necrose pulpar e periodontite apical assintomática. Amostras microbiológicas foram coletadas dos canais radiculares após a cirurgia de acesso (S1), após o preparo químico-cirúrgico realizado com Sistema Reciproc e NaClO- 2,5% (S2) e após medicação intracanal com Ca(OH)2 por 14 dias (S3). As amostras dos canais radiculares foram submetidas à extração de DNA e RNA. O RNA foi submetido à reação de transcrição reversa (RT) para confecção de DNA complementar (cDNA). DNA e cDNA foram submetidos a reações de qPCR utilizando iniciadores complementares à sequência de 16S rRNA de P. acnes. O efeito dos procedimentos endodônticos na redução bacteriana foi determinado por qPCR baseada em rDNA. A atividade metabólica bacteriana foi calculada pela razão rRNA/rDNA baseados nos dados dos ensaios de qPCR. Os dados foram analisados pelo teste de Wilcoxon para análise entre as amostras e teste de McNemar para comparação da taxa de detecção dos métodos baseados em rDNA e rRNA, com nível de significância de 5%. A taxa de detecção de P. acnes nas amostras endodônticas foi maior pelo método baseado em rRNA do que pelo método baseado em rDNA (P < 0,0001). P. acnes foi detectado em 36,4% (8/22) e 90,9% (20/22) das amostras S1 utilizando qPCR baseado em rDNA e rRNA, respectivamente. Nas amostras S2, P. acnes foi detectado em 36,4% (8/22) das amostras utilizando o método baseado em rDNA e em 86,4% (19/22) pelo método baseado em rRNA. Nas amostras S3, P. acnes persistiu em níveis detectáveis em todas as amostras positivas em S2. Na análise quantitativa, o nível médio de P. acnes foi 1,28 x 103 cópias de rDNA nas amostras S1. Não houve uma alteração significante dos níveis bacterianos nas amostras S2 e S3 quando comparadas às amostras S1 (P > 0,05). O número de cópias de rRNA foi maior do que o de rDNA em todas as amostras (P < 0,0001). Em S1, o valor mediano da razão rRNA/rDNA foi 7,93 (intervalo de 2,03 a 2,04 x 102). Essa razão permaneceu positiva em S2 (mediana 16,40, intervalo de 2,21 a 4,87 x 102) e S3 (mediana 25,34, intervalo de 0,58 a 1,05 x 103), sem diferença estatística na comparação entre as amostras S1-S2 e S2-S3 (ambos P > 0,05). Baseados nesses achados, concluiu-se que o ensaio de qPCR baseado em rRNA revelou uma alta prevalência de P. acnes nas infecções endodônticas primárias e que este permaneceu metabolicamente ativo nos canais radiculares após o preparo químico-cirúrgico e medicação intracanal.