Introdução - A fluoretação da água de abastecimento público tem participação comprovada na redução dos índices de prevalência da cárie dentária, tendo sido considerada uma das dez grandes conquistas da saúde pública do século XX. Para garantir a eficácia preventiva da fluoretação, evitando a fluorose, é indispensável o controle operacional nas estações de tratamento de água, realizado por responsáveis pelo processo de fluoretação da água e o seu monitoramento, que em termos da Vigilância Sanitária, é conhecido como heterocontrole. Objetivos - Quantificar os teores de flúor na água de abastecimento público de Uberlândia-MG no período de nov/2015 a abr /2016 e comparar os valores encontrados com os dados do controle operacional (DMAE) e um laboratório de referência (UNICAMP) para construir um referencial teórico para a cidade. Material e Método - Foram coletadas 126 amostras nos meses avaliados, sendo 18 mensais, 9 para cada ETA (Estação de Tratamento de Água) e mais três pontos de coleta para a região abastecida de ambas as ETA. As amostras foram analisadas pela técnica eletrométrica, inicialmente na Universidade Federal de Uberlândia (UFU) e depois foram encaminhadas para análise no laboratório de referência (UNICAMP). Através do teste Generalized Estimating Equations (GEE) os dados foram comparados entre si e também com os dados de controle operacional. Resultados - Foram comparados os dados obtidos nas três análises para o fluoreto (UFU, UNICAMP e DMAE), no mesmo período e nas mesmas estações de tratamento de água. Observou-se diferença estatística entre os laboratórios (p<0.001), entre os momentos avaliados (p<0.001) e também interação entre laboratório e tempo (p<0.001). Somente para o mês de nov/2015 que os laboratórios não apresentaram médias diferentes. O valor médio de fluoreto na água é mais baixo quando avaliado pelo laboratório UFU, apenas no mês de abr/2016 a média ficou abaixo do limite mínimo. Apesar de termos encontrado diferenças entre os laboratórios, a média observada encontra-se de acordo com o recomendado. Conclusão - Os resultados deste estudo permitiram concluir que o flúor está presente na água de abastecimento do município de Uberlândia, apresentando variações mensais entre os pontos de coleta e em um mesmo ponto ao longo do período analisado, mas com teores dentro dos padrões recomendados pelo Centro Colaborador do Ministério da Saúde em Vigilância da Saúde Bucal (CECOL)/Ministério da Saúde quanto a concentração de fluoretos e a população tem sido assistida de forma segura.