El presente trabajo de investigación tiene como objetivo realizar el análisis comparativo del efecto antibacteriano que presentan los aceites escenciales de dos especies altoandinas Lepechinia meyenii WALP (Puna Salvia) y Minthostachys andina BRITT EPLING (Muña) frente a cepas de Escherichia coli y Shiguella flexneri. El método empleado para la determinación del efecto antibacteriano fue el método microbiológico de Bauer-Kirby y se utilizaron las cepas de Escherichia coli INS 86 y Shinguella flexneri INS6. En cuanto a los resultados, se tiene que los extractos secos etanólicos de L. meyenii Walp y M. andina (Britt) Epling presentaron efecto antibacteriano ya que los halos de inhibición fueron mayores a 9 mm miestras que comparativamente, los aceites esenciales de dichas especies no presentaron efecto antibacteriano frente a las mismas especies de bacterias , lo que indicaría que las sustancias activas presentes en los extractos son las responsables del efecto farmacológico estudiado.