Se presentan los resultados del estudio de la flora vascular de los Pantanos de Villa realizadas en el 2007 y se analiza los cambios florísticos en los últimos años. Se registraron 47 especies silvestres comprendidas en 43 géneros y 27 familias. Las familias con mayor numero de especies fueron Poaceae (7), Cyperaceae (4) y Asteraceae (4).

Se reportan 7 especies silvestres como nuevos registros para el humedal:

Alternanthera pubiflora, Alternanthera halimifolia, Limnobium laevigatum, Colocasia esculenta, Rumex obtusifolius, Elodea potamogeton, Plantago major. Se encontraron 11 especies cultivadas en el ecosistema. En comparación con estudios anteriores, los resultados muestran una disminución en la riqueza florística, principalmente de las especies acuáticas. El análisis de similitud con anteriores estudios indica un cambio en la composición de la flora en el tiempo.