Las secuencias del ADN mitocondrial (ADNmt) de animales vertebrados han sido estudiadas desde hace 25 a¤os. Sólo ahora se cuenta con el genoma mitocondrial completo de muchas especies para hacer un análisis más detallado de cómo evolucionan sus secuencias y como esto influye en la construcción de  árboles filogenérticos con la aplicación de los diferentes modelos matemáticos y programas bioinformáticos. En definitiva, aún existe un recurrente debate evolutivo acerca de cu les secuencias mitocondriales son las más adecuadas de utilizar para explicar mejor los procesos que operan dentro de las especies animales. Por lo tanto, el presente trabajo se propone analizar todas las posibles alternativas de solución utilizando tanto secuencias mitocondriales nucleotídicas como aminoacídicas.