Durante fines del siglo XVIII y primeras décadas del siglo XIX, los médicos peruanos estuvieron comprometidos con las ideas libertarias. Este compromiso supuso un importante alejamiento de las nuevas corrientes científicas médicas que se desarrollaban en Europa bajo la Ilustración. En 1821, por la activa participación de los médicos en la lucha por la independencia del país, a la antigua escuela médica regia sanfernandina se le cambió el nombre por Colegio de la Independencia