Em Moçambique, o tratamento anti-retroviral altamente activo (HAART) foi introduzido em 2004, seguido de descentralização e expansão, resultando num aumento de mais de 20 vezes na cobertura até 2009. A implementação de inquéritos sobre limiares de resistência aos medicamentos contra o VIH (HIVDR-TS) é crucial para monitorar o surgimento de resistência viral transmitida e produzir recomendações baseadas em evidências para apoiar a política anti-retroviral (ARV) em Moçambique. A metodologia da Organização Mundial de Saúde (OMS) foi utilizada para avaliar a resistência transmitida aos medicamentos (TDR) em mulheres grávidas infectadas pelo VIH-1 recém-diagnosticadas que frequentam clínicas pré-natais em Maputo e Beira a inibidores não nucleósidos da transcriptase reversa (NNRTI), inibidores nucleósidos da transcriptase reversa (NRTI) e inibidores de protease (IP). Os subtipos foram atribuídos usando a ferramenta de subtipagem REGA HIV-1 e árvores filogenéticas construídas usando o MEGA versão. Embora nestes inquéritos tenham sido detectadas mutações associadas à resistência aos três medicamentos, a resistência transmitida foi analisada e classificada como <5% em Maputo em ambos os inquéritos para as três classes de medicamentos. A resistência transmitida aos NNRTIs na Beira em 2009 foi classificada entre 5-15%, um aumento em relação a 2007, quando não foram encontradas mutações nos NNRTIs. Todas as sequências agrupadas com o subtipo C. Os nossos resultados mostram que a epidemia é dominada pelo subtipo C, onde a opção de primeira linha baseada em dois NRTI e um NNRTI ainda é eficaz para o tratamento da infecção pelo VIH, mas os níveis intermédios de TDR encontrados na Beira reforçam a necessidade de avaliação constante com continuação expansão do tratamento em Moçambique.