Whole-genome characterization of G12 rotavirus strains detected in Mozambique reveals a co-infection with a GXP[14] strain of possible animal origin
J. gen. virol; 100 (6), 2019
Ano de publicação: 2019
Uma elevada prevalência de estirpes de rotavírus G12 foi anteriormente relatada no sul de Moçambique. Neste estudo, os genomas completos de cinco estirpes G12 moçambicanas foram determinados directamente a partir das fezes utilizando uma plataforma Illumina Miseq. Uma amostra (0060) continha uma coinfecção intergenogrupo de uma cepa semelhante a G12P[8] Wa e uma cepa semelhante a GXP[14] DS-1. As sequências de sete segmentos do genoma, detectadas para a estirpe GXP[14], agruparam-se com um grupo diversificado de estirpes maioritariamente animais, sugerindo co-infecção com uma estirpe de possível origem animal. As amostras de fezes continham cepas de rotavírus G12P[6] com estruturas semelhantes a Wa. Análises filogenéticas dos segmentos codificadores de VP4 e VP7 das cepas G12P[6] sugeriram que eles eram rearranjados contendo estruturas estruturais semelhantes às da cepa G12P[8]. O estudo confirma observações anteriores de transmissão interespécies e enfatiza a importância do sequenciamento do genoma completo para avaliar co-infecções e rearranjos por rotavírus....