A Wuchereria bancrofti é responsável por mais de 90% dos casos da Filaríase Linfática no mundo todo. Em Moçambique, 103 distritos são endémicos para a doença com as prevalências mais altas na região norte do país. A eliminação da doença esta prevista para o ano 2020 e pode ser alcançada pelo tratamento massivo das populações das áreas endémicas durante 5-6 anos com ivermectina e albendazole. A avaliação do impacto do tratamento e a verificação da eliminação da doença carece de ferramentas de diagnóstico com sensibilidade suficiente para detectar os mais pequenos vestígios de infecção remanescente. Entre elas, o teste imunocromatográfico (ICT) para pesquisa do antígeno filarial circulante (AFC), a gota espessa (GE) de sangue para pesquisa de microfilárias (Mf) e a PCR para a detecção têm sido frequentemente utilizadas antes (baseline), durante e após a campanha de eliminação com vista a monitorar a situação de transmissão da doença. Assim, no presente inquérito de base (baseline) propusemo-nos a avaliar a presença da infecção filarial por Wuchereria bancrofti antes do início do tratamento massivo pelos métodos comummente utilizados (teste imunocromatográfico e gota espessa) e também faze-lo utilizando um método de detecção molecular (PCR) para o efeito de padronização da técnica. As amostras de sangue foram colhidas no período nocturno entre as 21h-2h da manhã por punção digital. O teste imunocromatográfico foi realizado durante o inquérito utilizando 100 µL de sangue. As lâminas foram coradas pelo Giemsa e duplamentes observadas ao microscópio óptico para contagem de microfilárias. O ADN foi extraído a partir de pequenas quantidades de sangue seco em papel de filtro utilizando o Kit comercial Dneasy® Blood & Tissue da QUIAGEN. A PCR foi realizada para amplificar um seguimento de 188 pb da região repetitiva do genoma de W. Bancrofti (SspI ) e, também para amplificar o gene mitocondrial Citocromo oxidase 1 (Cox1). Os produtos da PCR foram analisados por electroforese em gel de agarose (1,5 %) e tampão tris-borato-EDTA (TBE), e os fragmentos de ADN visualizados sob iluminação UV. Foram incluídos 678 indivíduos com idade média de 20,7 (SD= 16.71) anos. O AFC esteve presente em 26 % (176/678) dos indivíduos. A prevalência dos portadores de microfilária foi 12,4% (84/678) e a densidade microfilárial foi de 244,12 Mf Mf/mL. Cerca de 6,8% (46/678) dos inqueridos tinham algum tipo de sintoma relacionado a doença. A PCR para amplificação da região repetitiva SspI detectou 15,5 % (105/678) de casos de infecção, enquanto que a PCR para amplificação Cox1 detectou apenas 7,1% (48/678) que foram conduzidos ao sequenciamento. Foram analizadas 14 sequências e identificadas três mutaçoes em 12 delas. A pesquisa do AFC pelo ICT continua sendo o mais sensível indicador da infecção filarial por W. bancrofti enquanto que a PCR pode ser utilizada para determinar a microfilarêmia de forma eficiente e com mais sensibilidade que o método microscópico de gota espessa comumente utilizado nos programas de avaliação do impacto da administração massiva de drogas sobre a microfilarêmia.