A diversidade genética do Plasmodium falciparum é um dos maiores obstáculos para o desenvolvimento da imunidade assim como para a eficácia terapêutica de antimaláricos, pois confere ao parasita habilidade para evadir a resposta imune do hospedeiro, gerando mudanças na sua composição antigénica, favorecendo resistência às drogas antimaláricas; essa diversidade permite estabelecer a intensidade de transmissão da malária numa região. Os genes msp1, msp2, e glurp, que codificam proteínas antigénicas, são altamente polimórficos e por isso são comumente usados como marcadores de diversidade genética do P. falciparum. Neste contexto, avaliou-se a diversidade genética do P. falciparum usando como alvo os genes que codificam as proteínas MSP 1, MSP 2 e GLURP de isolados clínicos de crianças menores de 5 anos, da província de Tete e de Gaza. O estudo foi transversal e foram analisadas amostras do estudo sobre “Eficácia e segurança de Artemether- Lumefantrina no tratamento da malária não complicada por Plasmodium falciparum”, aprovado pelo Comité Nacional de Bioética (115/CNBS/2014). Foram analisadas 163 amostras colhidas em papel de filtro e foi feita a amplificação da região 2 do gene msp1, a região central do gene msp2 e a região R2 do gene glurp pela técnica Nested PCR usando os primers e seguindo o protocolo descrito por Snounou et al (1999). Das 163 amostras, 154 (94,5%) amplificaram o gene msp1, 153 (93.9%) amplificaram o gene msp2 e 122 (74.8%) o gene glurp. Foram observados 17 genótipos para o gene msp1, correspondentes às 3 famílias alélicas (6 para K1, 6 para MAD20 e 5 para RO33). Para o gene msp2 foram encontrados 27 genótipos das duas famílias (18 para IC/3D7 e 9 para FC27) e 9 genótipos para o gene glurp, sendo detectados 17 haplótipos no total. Verificou-se um alto grau de diversidade genética o que sugere um grande tamanho na população de parasitas e alta intensidade de transmissão. Estudar a dinâmica de populações de P. falciparum é importante para monitorar a possivel surgimento e dissiminação de resistência aos antimalaricos.