O financiamento do sistema de saúde de Moçambique é marcado pela fragmentação que também caracteriza a arquitetura da assistência ao desenvolvimento no país e se expressa, por exemplo, no elevado grau de recursos externos que não passam pelos instrumentos de gestão do governo (off-budget). Entre os desafios destacam-se ainda a estrutura centralizada e verticalizada, o elevado grau de dependência dos doadores externos e suas agendas prioritarias e um persistente sub-financiamento do sector.