Polimorfismos em genes de citocinas em dadores de sangue moçambicanos
Ano de publicação: 2010
Teses e dissertações em Português apresentado à Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do título de Mestre. Orientador: Moraes, Milton Osório
Determinadas alteraçõesdos marcadores imunogenéticos são importantes para o controle de expressão gênica, ou aténa alteração da estrutura ou função de proteínas. Pequenas variações genéticas como os polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs, do inglês –Single Nucleotide Polymorphism) estão associadas a susceptibilidade ou resistência do hospedeiro em doenças diferentes. Um mapeamento generalizado de SNPs em genes potencialmente envolvidos com a resposta imune pode ajudar no entendimento da fisiopatologia de doenças não apenas infecciosas, assim como de diversas etiologias em Moçambique. Neste contexto, um estudo foi desenvolvido no qual amostras de sangue foram colhidas em quinhentos dadores de sangue Moçambicanos. Este estudo teve como objectivos analisar à frequência demarcadores imunogenéticos com enfoque para os genes IL-10 (-819 C> T; -3575 A> T), TNF(-308G>A) eLTA (+252 A>G).O DNA genómico foi extraído de amostras de sangue total utilizando o QIAamp DNA mini kit (Qiagen, Germany);e a identificação das variantes polimórficas de todos os investigados foi realizada pelas técnicas de PCR em tempo real assim como PCR-RFLP. As frequências genotípicas das variantes alélicas de todos os genes analisados estavam em equilíbrio de Hardy-Weinberg.As frequências das variantes alélicas para o SNP LTA +252 (A>G)foram 0.47e 0,53 para os alelos G e A, enquanto que para o SNP TNF (-308G>A) foram 0,14 e 0,86 para os alelos A e G, respectivamente. Para o SNP -819 (T>C) as frequências foram: 0,59 para o alelo C e 0,41 para o alelo T, enquanto que para o SNP -3575 (A>T) foram 0,77 e 0,23 para os alelos T e A. As frequências genotípicas e alélicas dos quatro SNPs nos genes estudados não são diferentes entre os grupos de dadores quando estraficados quanto ao local de nascimento embora a frequência do alelo -308A seja maior no sul e diminui no centro e depois no norte do país. O mesmo acontece com a frequência do alelo -3575 A. A análise combinada dos SNPs LTA+252 A>G e TNF-308 G>A revelou um valor de D'= 0.691;r2= 0,078 para o desequilíbrio de ligação assim como valores de D'= 0,665,er2= 0,090para os SNPs IL 10-819 T>C e IL10-3575 A>T. Dos 4 haplótipos identificados, o haplótipo LTA+252/TNF-308 (A/G) foi o mais frequente com um percentual de 51% e para a combinação de SNPs IL10-3575/-819 o haplótipo AT foi o menos predominante com um percentual de 3.4%. As frequências dos SNPs estudados são muito parecidas com as frequências relatadas em populações Africanas e diferentes de populações Brasileiras, Europeias e Asiáticas. O presente estudo é o primeiro a descrever SNPs em genes de citocinas relevantes e possibilita que no futuro se efectuem estudos de associação a suscetibilidade a doenças infecciosas como a tuberculose, malária e HIV/SIDA em Moçambique.
Variations in the DNA sequence can influence gene expression and also change the protein structure or function. Small genetic variations such as single nucleotide polymorphisms (SNPs) are associated with susceptibility or host resistance in different diseases. Thus, a generalized mapping of SNPs in genes potentially involved in immune responses may help to understand the pathophysiology of infectious diseases and also disorders from other etiologies in Mozambique. In this context, the aim of this study was to analyze the frequency of immunogenetic markers, focusing on the genes IL10 (-819 C>T; -3575 A>T), TNF(-308 G>A) and LTA(+252 A>G).Genomic DNA was extracted from whole blood samples collected from five hundred Mozambican blood donors using the QIA amp DNA mini kit (Qiagen, Germany). The identification of the polymorphic variants was performed by PCR-RFLP and real-time PCR. The genotype frequencies of all SNPs analyzed were in Hardy-Weinberg equilibrium. The frequencies of allelic variants for the LTA +252 SNP (A>G) were 0.47 and 0.53for alleles Gand A, while for TNF SNPs (-308 G>A) were 0.14 and 0.86 for the alleles A and G, respectively. For SNP -819 (C>T) frequencies were0.59 for allele C and 0.41 for alleleT, while for the SNP -3575 (T>A) were 0.77 and 0.23 for the alleles T and A, respectively. The frequencies of the four SNP analyzed here were not statistically different when the volunteers were compared according to the birth place, although the frequency of -308A was higher in the south and decreased towards centre and then to north of the country. Combined analysis of SNPs LTA +252 A> G and TNF-308 G> A showed a value of D '= 0691, r2= 0.078 for linkage disequilibrium as well as values of D' = 0.665 and r2= 0.090 for SNPs IL 10-819 T> C and IL10-3575 A> T of the four haplotypes identified haplotype LTA +252 / TNF-308 (A/G) was the most frequent with an incidence of 51% and the combination of SNPs IL10-3575/-819 AT haplotype was less prevalent with a percentage of 3.4%.The SNP frequencies were also similar to the frequencies observed among African, but not to Brazilian, European and Asian populations. This study is the first to describe relevant SNPs in cytokine genes and enables association studies of susceptibility with infectious diseases as tuberculosis, malaria and HIV/AIDS in Mozambique.